Institut de recherche biomédicale
     
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    Plateforme Génomique : GENOM'IC

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    Responsable

     

    GENOM’IC est une plateforme technologique ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique académique, industrielle et hospitalière. Elle est spécialisée dans l’étude du génome et du transcriptome et offre différents types de  prestations basées sur les nouvelles technologies : mise à disposition d’appareils et formation à la PCR temps réel, réalisation de projet d’analyse de transcriptome et de génome  en utilisant les puces à ADN et le séquençage haut débit (depuis la prise en charge des échantillons jusqu’à l’analyse bio-informatique des données). GENOM’IC collabore également à des projets innovants en mettant à disposition les compétences techniques de son personnel et assure une veille technologique constante. La démarche qualité engagée depuis 2012 permet de garantir la qualité des manipulations réalisées et des données produites et de répondre aux exigences de ses collaborateurs.

     

    Actualités

    • Nouveaux équipements / Demandes d’équipemements

    Un premier séquenceur Nextseq 500 Illumina est arrivé en mai 2015 grâce à un budget DIM malinf 2014 / ARS (APHP).. Il est utilisé pour les applications de reséquençage d’exomes, de génomes nouveaux, du transcriptome (codant, total et petits ARN), analyse des interactions protéines ADN, analyse du méthylome.

    Un second Nextseq 500 est attendu mi-octobre 2016 grâce à un budget AP-HP. Il est destiné au dépistage non invasif des aneuploïdies de l’AP-HP sous la responsabilité médicale du service de cytogénétique (Pr. Jean-Michel Dupont) et sera opérationnel en début d’année 2017.

    Un automate nCoulter PREP station a été demandé dans le cadre de l’appel d’offre 2016 du plan Cancer 2014-2019 (équipement semi-lourd), cet appareil permettant le comptage digital de plusieurs centaines de cibles ARN ou ADN. Réponse attendue à l’automne 2016.

    • Renforcement du personnel de la plateforme

    Angeline Duche (AI INSERM) a rejoint la plateforme en mars 2016 pour prendre en charge les projets puces à ADN.

    Juliette Hamroune (IE université Paris Descartes) a rejoint la plateforme en mai 2016 pour prendre en charge les projets de séquençage haut débit.

    Benjamin Saintpierre (IE CARPEM) a rejoint la plateforme en aout 2016 pour prendre en charge les activités bio informatiques liées au séquençage haut débit.

    • Départ de la société Eurofins

    La société Eurofins présente depuis 2009 quitte le site de Cochin à la fin du mois de décembre 2016. Un appel d’offre portant sur des prestations de séquençage et de génotypage au profit d’unités de recherche gérées par la DR Paris C de l’INSERM sera lancé courant octobre pour une mise en place au 1er janvier 2017.

    • Renforcement du comité scientifique de la plateforme

    A l’été 2016, 3 nouveaux membres sont venus renforcer l’actuel  comité scientifique de la plateforme (composé de Daniel Vaiman (DR1 INSERM), Georges Bismuth (DR1 INSERM) ey Guillaume Assie (PU-Ph UPD). Il s’agit de :

    Valentina Boeva (CR1 INSERM), Frederic Ariey (MCU-PH Parasitologie GH Cochin), Bertrand Cosson (MC UMR7216 CNRS Paris Diderot).

    • Labellisations

    GenomIC est labellisé plateforme génomique de l’Université Paris Descartes depuis 2015.

    GenomIC  est référencée parmi les plateformes de génomique du Cancéropole d’Ile de France depuis 2015.

    • Participations à des projets collaboratifs

    GenomIC est impliquée dans le projet européen InfectEra (équipe Sandrine Bourdoulous).

    • Organisation séminaire, formation

    GenomIC est partenaire depuis 2010 du Master 2 Ingenierie de plate-forme / université Paris Diderot : responsables : V Gruber / P Bourdoncle

    GenomIC intervient depuis 2011 dans le cadre de l’UE Approches moléculaires globales en pharmacologie et toxicologie du M1 Toxicologie de l’Université Paris Descartes.

    GenomIC participera à une UE omique dans le cadre de la licence L2 Maths Infos de l’Université Paris Descartes en 2017.

    GenomIC a assuré depuis 2011 la formation en interne d’une cinquantaine de personnels et d’étudiants.

    Contact

    Plateforme GENOMIC
    Batiment G Roussy 3ème étage
    27 rue du faubourg Saint Jacques
    75014 Paris

    +33 (0) 1 40 51 65 5