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    Plateforme Génomique : GENOM'IC

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    Responsable

     

    GENOM’IC est une plateforme technologique ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique académique, industrielle et hospitalière. Elle est spécialisée dans l’étude du génome et du transcriptome et offre différents types de  prestations basées sur les nouvelles technologies : mise à disposition d’appareils et formation à la PCR temps réel, réalisation de projet d’analyse de transcriptome et de génome  en utilisant les puces à ADN et le séquençage haut débit (depuis la prise en charge des échantillons jusqu’à l’analyse bio-informatique des données). GENOM’IC collabore également à des projets innovants en mettant à disposition les compétences techniques de son personnel et assure une veille technologique constante. La démarche qualité engagée depuis 2012 permet de garantir la qualité des manipulations réalisées et des données produites et de répondre aux exigences de ses collaborateurs.

     

    Actualités

    • Nouveaux équipements / Demandes d’équipemements

    L’automate nCoulter® PREP station, demandé dans le cadre de l’appel d’offre 2016 du plan Cancer 2014-2019 (équipement semi-lourd), est arrivé sur la plateforme. Cet appareil permet le comptage digital de plusieurs centaines de cibles ARN ou ADN simultanément (page web de nanostring). Un premier projet utilisant la technologie nCoulter ® a été mené avec l’équipe du Prof K Leroy (équipe F Bateux INSERM U1016) : ce projet a permis d’évaluer la performance d’une signature transcriptionnelle de 18 gènes, capable de prédire les bénéfices cliniques d’une immunothérapie dans différentes types  tumoraux. Un abstract de ce travail a été soumis à l’AACR en avril 2018.

    Un Chromium™ de la société 10X Genomics est arrivé fin novembre 2017 sur la plateforme IBENS (Ecole Normale Supérieure). Il sera partagé entre les plateformes IBENS et GENOMIC. Cet appareil – couplé aux lectures courtes des technologies de séquençage – permet de phaser des haplotypes pour reconstituer des variants structuraux dans des régions complexes du génome. Il permet également de caractériser des profils d’expression génique de milliers de cellules uniques et d’identifier en particulier les transcrits VDJ des lymphocytes dans l’étude du système immunitaire. Deux projets pilotes menés actuellement avec l’équipe de M Vidaux portent sur le  séquençage long du gène PMS2 (compliqué par la présence de nombreux pseudo-gènes) et du locus responsable de la dystrophie facio-scapulo-humérale (en particulier le gene DUX4).

    Un Miseq® d’Illumina (financement APHP GH Cochin) arrivera sur la plate-forme en début d’année 2018. L’arrivée de ce séquenceur permettra la prise en charge de projets adaptés à cet appareil : métagénomique, séquençage ciblé, séquençage de petits génomes.

     

    • Labellisations

    GenomIc est labellisée plate-forme génomique de l’Université Paris Descartes depuis 2015 et référencée parmi les plate-formes du réseau France Génomique depuis le 10 janvier 2017.

    GenomIC  est également référencée parmi les plate-formes de génomique du Cancéropole d’Ile de France depuis 2015.

     

    • Participations à des projets collaboratifs

    GenomIC est impliquée dans le WP5 du projet RHU QUID NASH sélectionné par l’ANR en 2017. GenomIC réalisera les analyses transcriptomiques (mRNA et miRNA) d’une cohorte de 600 patients diéabétiques. L’objectif du projet est l’identification de marqueurs non invasifs spécifiques de la NASH (Non-Alcoholic SteatoHepatitis (NASH)) afin d’établir une biopsie virtuelle du foie.

     

    • Organisation séminaire, formation

    GenomIC est partenaire depuis 2010 du Master 2 Ingenierie de plate-forme / université Paris Diderot : responsables : V Gruber / P Bourdoncle

    GenomIC intervient depuis 2011 dans le cadre de l’UE Approches moléculaires globales en pharmacologie et toxicologie du M1 Toxicologie de l’Université Paris Descartes.

    GenomIC participera à une UE omique dans le cadre de la licence L2 Maths Infos de l’Université Paris Descartes en 2017.

    GenomIC a assuré depuis 2011 la formation en interne d’une cinquantaine de personnels et d’étudiants.

    Contact

    Plateforme GENOMIC
    Batiment G Roussy 3ème étage
    27 rue du faubourg Saint Jacques
    75014 Paris

    +33 (0) 1 40 51 65 5