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    Plateforme Génomique : GENOM'IC

    Responsable

     

    GENOM’IC est une plateforme technologique ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique académique, industrielle et hospitalière. Elle est spécialisée dans l’étude du génome et du transcriptome et offre différents types de  prestations basées sur les nouvelles technologies : mise à disposition d’appareils et formation à la PCR temps réel, réalisation de projet d’analyse de transcriptome et de génome  en utilisant les puces à ADN et le séquençage haut débit (depuis la prise en charge des échantillons jusqu’à l’analyse bio-informatique des données). GENOM’IC collabore également à des projets innovants en mettant à disposition les compétences techniques de son personnel et assure une veille technologique constante. La démarche qualité engagée depuis 2012 permet de garantir la qualité des manipulations réalisées et des données produites et de répondre aux exigences de ses collaborateurs.

     

     

    Actualités

    Actions et développements en cours

    • Sur ses 88 projets NGS, GenomIC a traité 22 projets single cell 10X (RNA-seq, ATAC-seq, CITE-seq, VDJ) en 2020 en partenariat avec Cybio.
    • GenomIC est en cours d’optimisation d’un protocole complet de Ribosome-profiling (ou Traductome, le ribosome profiling est une technique permettant d’accéder au protéome avec la sensibilité de l’analyse d’acides nucléiques)) en partenariat avec le Prof B Cosson (UMR7216 CEDC UP).
    • GenomIC débute ses premiers projets Nanopore en avril 2021 sur un Minion mK1 : étude des grands remaniements dans l’ADN génomique humain, identification et quantification de germes présents dans un échantillon biologique (ARN16S).
    • GenomIC traite ses premiers projets de transcriptomique spatiale en partenariat avec HISTIM, basée sur la technologie Visium de 10X.

     

    Pole de bio-informatique / iPOP-UP

    GenomIC est impliquée dans le développement de l’activité bio-informatique locale par sa participation active au projet IPOP-UP (Integrative Platform for Omics Projects at UP). Le pôle de bio-informatique est construit autour d’un local hébergeant des PC et serveurs de calculs; l’objectif est de mettre à disposition des bio-informaticiens du site cet outil de travail  et permettre un regroupement propice aux échanges. Le réseau iPOP UP permettra l’échange entre les pôles des différents sites de l’UP. Le local vient d’être libéré par la faculté.

    Equipements

    La Prepstation Nanostring de la plateforme va être transférée et mise à disposition de la plateforme génomique du PARCC courant avril/mai 2021, cette dernière prendra en charge les projets Nanostring des équipes de l’UP.

    Partenariat

    • La société Genosplice, spécialiste des analyses omiques et présente sur la pépinière Cochin, est un partenaire de GenomIC depuis quelques années. Cette société est intervenue dans les analyses de plusieurs projets traités par GenomIC (contact : pierre.delagrange@genosplice.com)
    • Le CRB (Centre de Ressources Biologiques) du GH Cochin est partenaire de GenomIC et intervient dans l’extraction d’ADN et d’ARN de tout type de tissus.
    • GenomIC et Cybio sont partenaires dans le traitement des projets single cell.
    • GenomIC et Histim sont partenaires dans le traitement des projets de transcriptomique spatiale (Visium 10X).

     

    Les chiffres 2020

    En 2020, GenomIC a traité

    • 1955 échantillons pour ses projets NGS (répartis en 88 projets) dont 70% sont des projets RNA-seq pour 200 runs de Nextseq 500.
    • 389 échantillons pour ses 20 projets puces à ADN
    • 6432 échantillons ARN contrôlés  
    • 61 projets NGS ont été analysés.


    34% des projets de GenomIC proviennent d’équipes de l’Institut Cochin, 50% d’équipes rattachées à l’Université de Paris (INEM, PARCC, Grands Moulins, CRSA, IRSL), 12% d’équipes franciliennes, 2% d’équipes nationales.

     

    labellisations

    • GenomIc est identifiée comme plate-forme génomique de l’Université de Paris et est rattachée au réseau France Génomique depuis le 10 janvier 2017.
    • GenomIC a déposé un dossier de candidature au GIS Ibisa en avril 2021.

     

    Participations à des projets collaboratifs

    • GenomIC est partenaires de deux RHU sélectionnés  par l’ANR fin 2017 lors du 3eme AAP RHU :
           - QUID NASH (mise au point d’une biopsie virtuelle permettant de diagnostiquer les malades atteints de stéatose hépatique non alcoolique (NASH) associée a un dianète de type 2).pour lequel GenomIC produit les données de transcriptomique (puces à ADN et RNA-seq) et génomique d’une cohorte de 600 patients diabétiques (WP5) et de modèles animaux (WP4).
           - KTD-Innov (mise au point d’un système de prédiction du rejet de greffe du rein intégrant un ensemble de données cliniques, biologiques, immunologiques et moléculaires) pour lequel Genomic produit les données de transcriptomique (RNA-seq) d’une cohorte de 800 patients.
    • GenomIC est partenaire du projet Labex WISCI (WhoamI Single Cell Initiative) (AAP transversal 2020 du Labex WhoAmI) destiné à renforcer et structurer les approches single cell des équipes du Labex.
    • GenomIC est partenaire du Centre de Ressources Biologiques du GH Paris Centre au travers d’une convention.

     

    Organisation séminaire, formation (mettre les liens URL en bleu)

    • GenomIC est partenaire depuis 2010 du Master de Bio-informatique (M2 spécialité Ingénierie de plate-forme) de l’Université de Paris (resp : V Gruber/P Bourdoncle).
    • GenomIC participe à une UE omiques dans le cadre de la licence L2 Maths Infos de l’Université de Paris depuis 2017.
    • GenomIC assure depuis 2018 une formation à la PCR en temps réel pour le CNRS IdF dans le cadre de la formation permanente.
    • GenomIC assure depuis 2011 la formation annuelle d’une cinquantaine de personnels et d’étudiants de l’Institut Cochin à la PCR en temps réel.
    • GenomIC assure une formation au DU Approches fondées sur le NGS et applications au diagnostic génétique et à la stratification thérapeutique / Université Paris.
    • GenomIC accueille chaque année la Licence Professionnelle de Genomique de l’ENCPB dans le cadre des visites de plateformes francilienne

     

    Contact

    Plate-forme GENOMIC
    Bâtiment G Roussy 3ème étage
    27 rue du faubourg Saint Jacques 75014 Paris
    Téléphone 33 140516565
    Mail :


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