Institut de recherche biomédicale
     
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    Analyses bio-informatiques proposées par la plate-forme

    Dans le cadre de ses analyses transcriptomiques, GenomIC produit et valide ses données à l’aide de contrôles qualité adaptés à chaque technique. Ce contrôle permet d’assurer au client la qualité des données fournies. GenomIC assure ensuite l’analyse statistique des données.

    Pour les puces à ADN, la prestation de base inclue la production et l’analyse des données. Des analyses non supervisées et supervisées sont réalisées afin d’identifier d’éventuels biais techniques ou échantillons aberrants pouvant bruiter l’analyse. L’expérience de la plate-forme dans ce domaine permet d’individualiser l’analyse de chaque projet. Un dossier récapitulant ces différents points et les listes de gènes différentiellement exprimés est fourni au client, accompagné de documents explicatifs de la méthodologie statistique utilisée. La plate-forme est disponible pour discuter et expliquer au client ces différents points. GenomIC met à disposition un texte de matériels et méthodes pour une future publication scientifique.

    Pour le RNA-seq, une prestation d’analyse bio-informatique - incluant les étapes d’alignement, de contrôle qualité des alignements et d’analyse différentielle (permettant d’obtenir une liste de gènes différentiellement exprimés) - est proposée aux clients. La prestation englobe

    -        le travail d’alignement, la mise à disposition du client d’un rapport d’analyse résumant les différents contrôles qualités de cet alignement, accompagné de documents explicatifs des différentes métriques calculées.

    -        le travail d’analyse, la mise à disposition du client d’un rapport d’analyse résumant les différents contrôles qualité effectués, accompagné de documents explicatifs de la méthodologie statistique utilisée.

    La plate-forme reste disponible pour discuter et expliquer au client ces différents points, et met à disposition un texte de matériels et méthodes pour une future publication scientifique.

    GenomIC propose également ses services pour la représentation graphique des résultats (comme les Heat maps par exemple) ou pour des analyses bio-informatiques spécifiques d’un projet. Dans ce dernier cas, la possibilité ou pas de conduire une analyse spécifique est évaluée en fonction des disponibilités du personnel.

    Pour des analyses génomiques comme le séquençage d’exome ou ciblé, le Chip-seq, l’analyse de SNP,  GenomIC ne fournit pas de prestations standards et dirige ses clients vers la plate-forme de Bio-informatique de l’Université Paris Descartes. Toutefois, pour des projets particuliers, une analyse adaptée peut être envisagée et,  là encore,  la possibilité ou pas de conduire une analyse spécifique est évaluée en fonction des disponibilités du personnel.