Institut de recherche biomédicale
     
    Vous êtes ici : Accueil / Les Plateformes / Génomique : GENOM'IC / Prestations / Analyse expression génétique par puces à ADN

    Analyse expression génétique par puces à ADN

    La plateforme propose des prestations d’analyse de transcriptome basées sur la technologie Affymetrix. Elle dispose d’une station GCS3000 7G avec trois stations fluidiques et trois fours à hybridation.

    La prestation de base englobe toutes les étapes depuis la prise en charge des échantillons d’ARN fournis par le client jusqu’à l’analyse statistiques des données permettant d’obtenir une liste de gènes différentiellement exprimés.

    Une solution pour l’analyse fonctionnelle des données peut être proposée (formation à l’utilisation d’IPA et mise à disposition de postes d’analyses dédiés). Vous pouvez contacter Morgane LeGall pour plus d’informations.

     

    La plate-forme propose tous les types de puces d’expression  Affymetrix (en particulier les dernières générations de puces Gene2.0ST, Clariom et XTA) et adapte ses protocoles à la qualité et à la quantité de matériel fournie par le client:

    • pour des ARN présentant un RIN > 7, nous utiliserons une chimie standard (appelée WT standard) pour des quantités d’ARN total comprises entre 50 et 500 ng.

    Une autre chimie (appelée Pico) sera utilisée pour des quantités d’ARN total comprises entre 200 pg et 50 ng.

    • pour des ARN extrait de coupes FFPE, nous utiliserons une chimie standard (appelée WT pico) pour des quantités d’ARN total comprises entre 0,2 et 10 ng.

    Une autre chimie (appelée NuGen One) sera utilisée pour des projets d’analyse à partir de cellule unique.

     

    En pratique :