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    Analyse polymorphisme ADN par NGS

    La plate-forme propose différentes prestations de séquençage d’ADN (exome humain, ciblé, de novo) ou DNA-Seq basées sur l’utilisation du NextSeq 500, du Miseq d’Illumina et du S5 d’Ion Torrent.

    A partir de l’ADN fournit par le client (accompagné de son QC), la prestation englobe la production des banques, leur séquençage et le QC des données brutes. Les approches de séquençage (lectures simples ou pairées, profondeur des lectures, technologie Illumina ou Ion torrent) sont modulables et adaptables en fonction du projet. Chaque projet fera l’objet d’un devis adapté au projet et tenant compte de ces différents aspects.

     

    Les différentes prestations de DNA-Seq proposées englobent la préparation et le séquençage de la banque à partir des ADN fournis par le client et contrôlés par ses soins.

    Pour l’analyse des données d’exomes et ciblées, la plate-forme de bio-informatique de l’Université Paris Descartes (dirigée par J-P. Jais et P.Nitschke) possède une forte expérience de ce type d’analyse et peut mettre à disposition leur solution d’analyse (nous contacter)

    On distingue :

    • le séquençage d’exome humain

    La plate-forme propose deux prestations d’exome :

    - un exome standard avec les spécifications suivantes : moyenne de couverture de la cible entre  60-80X et  90% des bases ciblées > 20X

    - un exome profond avec les spécifications suivantes : moyenne de couverture de la cible entre  150X et  80% des bases ciblées > 50X

    Principe : après fragmentation mécanique (ultrasons), préparation des banques puis capture (kit  SeqCap EZ MedExome Enrichment de Roche)
    Quantité d’ADN nécessaire : 100 ng - 1 µg
    Kit utilisé : Kapa Hyper (Kapa Biosystems)
    Séquenceur : NextSeq 500 (2 x 75 bp)

     

    • le séquençage ciblé

    La plateforme propose des prestations de séquençage ciblé :

    après PCR multiplex (technologie AmpliSeq® de ThermoFisher suivi de séquençage sur S5) : cette technologie est basée sur le  design d’amplicons (par Ion AmpliSeq Designer™) avec des tailles d’amplicons comprises entre 140 et 375 bp selon les qualités d’ADN de départ (respectivement ADN standard et ADN extrait de coupe FFPE)
    Quantité d’ADN : 1 ng – 100 ng
    Kits utilisés : Ion AmpliSeq™ Library 2.0 + Ion PGM™ Hi-Q™ OT2 et Hi-Q™ sequencing(ThermoFisher)
    Séquenceur : S5XL

    après capture ciblée (technologie de captureSeqCapEZ Choice and EZ developperEnrichmentde Roche)
    Kit utilisé : Kapa Hyperprep (KapaBiosystems)
    Séquenceur : NextSeq 500 (jusqu’à 2 x 150bp) ou Miseq (jusqu’à 2 x 300 bp)

     

    • le séquençage de novo

    La plateforme propose une prestation de séquençage de novo :

    Après fragmentation mécanique (ultrasons), préparation des banques
    Quantité d’ADN nécessaire : 100 ng - 1 µg
    Kit utilisé : Kapa Hyper (Kapa Biosystems)
    Séquenceur : NextSeq 500 (jusqu’à 2 x 150bp) ou Miseq (jusqu’à 2 x 300 bp)

     

    En pratique :

    Pour toute demande, contactez-nous directement à ngs.u1016@inserm.fr ou au 0140516565.