Institut de recherche biomédicale
     
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    Analyse de la régulation de l’expression des gènes ou ChIP-Seq

    La plate-forme propose une prestation de séquençage de chromatine immunoprécipitée ou ChIP-Seq basée sur l’utilisation du NextSeq 500 d’Illumina.

    A partir des ADN fournis par le collaborateur (accompagnés par la photo du gel), la prestation de base englobe le contrôle qualité des échantillons, la préparation des banques, le séquençage et le contrôle qualité des données brutes. Les approches de séquençage (lectures simples ou pairées, profondeur des lectures) sont modulables et adaptables en fonction du projet. Chaque projet fera l’objet d’un devis adapté tenant compte de ces différents aspects.

     

     

     

     

    Séquençage de chromatine immunoprécipitée :

    Principe : réparation des fragments d’ADN immunoprécipité, ligation d’adaptateurs Illumina puis amplification par PCR.

    Quantité d’ADN : 100 pg – 50 ng

    Taille des fragments recommandée : <  1 000 bp (idéalement entre 200 et 600 bp)

    Kit utilisé : MicroPlex v2 (Diagenode)

    Séquenceur : NextSeq 500 (1 x 75 bp ou 2 x 40 bp)

     

    En pratique :

    Pour toute demande, contactez-nous directement à ngs.u1016@inserm.fr ou au 0140516565.