Institut de recherche biomédicale
     
    Vous êtes ici : Accueil / Les Plateformes / 3P5 Protéom'IC / Equipements

    Equipements

    •  

    La plateforme est équipée de différents matériels destinés à la préparation des échantillons en vue de leur analyse par spectrométrie de masse par différents analyseurs et modes d'ionisation : 2 spectromètres de masse timsTOF Pro, 2 spectromètres de masse de type Orbitrap (Fusion et Qexactive plus) et 1 MALDI TOF/TOF. Elle dispose d’une salle propre équipée d’une hotte à flux laminaire horizontal pour la préparation des échantillons et de moyens informatiques performants. Elle a de plus directement accès au matériel situé sur le site de l’institut Cochin : systèmes de chromatographie AKTA FPLC et AKTA Micro, scanner de fluorescence Typhoon, ultracentrifugeuses, lyophilisateur, etc.

     

    Préparation des échantillons

     

    La salle "propre" dédiée :

     

    Le laboratoire d'electrophorèses :

    laboEBD

     

    Le robot TECAN : l’automate de digestion "Tecan" 8 canaux permet de digérer des séries de 96 échantillons issus de gels de polyacrylamide 1 ou 2D puis de les déposer sur cible MALDI à fins d’analyses MS directes ou en plaques de microtitration pour injection préalables en LC :

     

    Les chaînes nanoHPLC : 4 chaînes nanoHPLC Dionex Ultimate 3000 "assistent" les spectromètres de masse en mode ionisation par électrospray (ESI). La plateforme est aussi équipées de collecteurs Probot pour la préparation des échantillons destinés à une analyse MALDI.

     

    L'appareil de séparation Offgel : L’appareil Offgel d'Agilent permet de séparer les peptides ou les protéines selon leur point isoélectrique et de les récupérer en solution après séparation.

     

    Spectromètres de masse

    • timsTOF Pro

    Sur financement DIM Thérapie Génique 38%, GR-Ex 25%, Université de Paris 22%, IBiSA 12% et divers 3%, la plateforme s’est équipé en juin 2020 de 2 nouveaux spectromètre de masse timsTOF Pro. Le timsTOF utilise la méthode d'acquisition PASEF (Parallel Accumulation Serial Fragmentation) pour fournir une vitesse et une sensibilité extrêmement élevées afin d'atteindre de nouvelle profondeurs en protéomique et phosphoprotéomique avec de faibles quantités d'échantillons.

     

    • Orbitrap "Fusion"

    Sur financement Université 25%, Canceropôle 25% et UE 50%, la plateforme s’est équipé en 2015 d’un spectromètre de type Orbitrap de dernière génération, permettant des performance de résolution et de rapidité exceptionnelles avec la flexibilité de 3 analyseurs, 2 modes de fragmentation et 2 détecteurs !

     

    • Orbitrap "Q-exactive"

    La plateforme s’est équipée en 2015 d’un Q-exactive plus Thermo et de deux sources "Triversa nanomate" Advion (financements InCA, Ibisa, Université) pour satisfaire au plus près de la demande d’analyse.

     

    •  MALDI TOF/TOF

    La plateforme est équipée d’une chaîne nLC-Probot-MALDI "4800 MALDI TOF/TOF" Absciex depuis 2007. Cet appareil est essentiellement dédié aux analyses de peptides/proteines purifiées par exemple suite a une séparation en E2D.

    Ici le couplage nLC-Probot (Dionex) :                                                                            Le MALDI "4800" (ABSciex) :

     

     

    Electrophorèses

    • 1ère dimension : 3 IPGphor (GE Healthcare) avec Manifold pour l'électrofocalisation des protéines :

     

     

     

     

     

     

     

     

    • 2ème dimension : 1 appareil Ettan-Dalt 12 et 2 appareils Ettan-Dalt 6 (GE Healthcare) pour la migration respectivement de 12 ou 6 gels SDS-PAGE.

     

    • Scan & analyses d'images : 1 scanner à fluorescence Typhoon FLA9500 (GE Healthcare) pour la digitalisation des gels 2D-DIGE et 5 licences DeCyder 7.0 (GE Healthcare) pour les analyses d'images dédiées 2D-DIGE.

     

    • Prélèvement des spots :1 robot  Spot Picker (GE Healthcare) pour le prélèvement des spots de nos gels E2D.