Institut de recherche biomédicale
     
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    Equipement

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    La plateforme est équipée de différents matériels destinés à la préparation des échantillons en vue de leur analyse par spectrométrie de masse et de deux spectromètres de masse de type MALDI TOF/TOF et LTQ-Orbitrap-velos. Elle dispose d’une salle propre équipée d’une hotte à flux laminaire horizontal pour la préparation des échantillons et de moyens informatiques performants. Elle a de plus directement accès au matériel situé sur le site de l’institut Cochin : systèmes de chromatographie Akta FPLC et Akta Micro, scanner de fluorescence Typhoon, ultracentrifugeuses, lyophilisateur, etc.

     

    La salle "propre" dédiée séparation et digestion des protéines :

     

    Préparation des échantillons

     Robot TECAN

    L’automate de digestion "Tecan" 8 canaux permet de digérer des séries de 96 échantillons issus de gels de polyacrylamide 1 ou 2D puis de les déposer sur cible MALDI à fins d’analyses MS directes ou en plaques de microtitration pour injection préalables en LC :

     

     Chaînes nanoHPLC Dionex Ultimate 3000

    Quatre chaînes nano HPLC Dionex Ultimate 3000 "assistent" les spectromètres de masse en mode ionisation par électrospray (ESI). La plateforme est aussi équipées de collecteurs Probot pour la préparation des échantillons destinés à une analyse MALDI.

     

    Appareil de séparation Agilent Offgel

    L’appareil Offgel permet de séparer les peptides ou les protéines selon leur point isoélectrique et de les récupérer en solution après séparation.

     

    Spectromètres de masse

    •  Deux MALDI TOF/TOF

    La plateforme est équipée d’une chaîne nLC-Probot-MALDI "4800 MALDI TOF/TOF" Absciex depuis 2007 et le site broussais a upgradé son MALDI "Autoflex Bruker" en 2009. Ces appareils sont essentiellement dédiés aux analyses de peptides/proteines purifiées par exemple suite a une séparation en E2D.

    Ici le couplage nLC-Probot (Dionex) :                                                                                          Le MALDI "4800" (ABSciex) :

    • Deux Quadrupoles-Orbitrap "Q-exactive"

    2 spectromètres haut débit de type filtre Quadrupolaire-Orbitrap "Q-exactive"

    La plateforme s’est équipée en 2013 d’un Q-exactive Thermo et de deux sources "Triversa nanomate" Advion (financements InCA, Ibisa, Université), et en 2014 d’un Qexactive+ Thermo (financements institut Imagine et SFR Necker) équipant le pôle Broussais pour satisfaire au plus près de la demande d’analyse.

    Orbitrap Fusion
    nLC - Orbitrap Fusion
    Sur financement Université 25%, Canceropôle 25% et UE 50%, la plateforme s’est équipé en 2015 d’un spectromètre de type Orbitrap de dernière génération, permettant des performance de résolution et de rapidité exceptionnelles avec la flexibilité de 3 analyseurs, 2 modes de fragmentation et 2 détecteurs !

     

    •  triple quadripôle : TQS Xevo

    nLC-Triple quadrupôle pour analyses quantitatives ciblées
    Un spectromètre de masse de type triple quadripôle : TQS Xevo Waters, partagé à 50% avec l’hôpital Necker équipe le site Broussais depuis 2012

    • Un LTQ-Orbitrap Velos avec module ETD

    La plateforme dispose d’un spectromètre de masse de type Orbitrap Velos (ThermoFisher) équipé d’un module de fragmentation par transfert d’électrons (ETD) et d’un module d’ionisation par nano-électrospray.

    Ce spectromètre de masse est connecté à une chaîne de nano-chromatographie Dionex RSLC capable de fonctionner à très haute pression ce qui autorise l’utilisation de colonnes de très faible granulométrie permettant d’obtenir de très hautes résolutions.

     

    NanoPro 1000

     L’appareil nanofluidique d’immunodétection NanoPro 1000

    La plateforme est équipée d’un appareil permettant de quantifier des protéines pour lesquelles des anticorps sont disponibles et de détecter des modifications post traductionnelles changeant le point isoélectrique (pI) de ces protéines. Pour cela, les protéines d’extraits cellulaires bruts sont séparées en fonction de leurs pI dans un capillaire de 400nL et fixées de façon covalente sur la paroi du capillaire. Une révélation par chimiluminescence après fixation d’un anticorps primaire puis d’un anticorps secondaire marqué à la peroxydase permet de visualiser la protéine ciblée. L’un des intérêts majeurs de cette technique est de permettre la détection de modifications post traductionnelles, et en particulier de phosphorylations, à partir d’une quantité très faible de matériel biologique.

     

     

     

    Première dimension

    3 IPGphor (GE Healthcare) avec Manifold pour l'électrofocalisation des protéines

    Deuxième dimension

     

              2 appareils Ettan-Dalt12 (GE Healthcare)

                                      

                                                                   2 appareils Ettan-Dalt6 (GE Healthcare) 

     

     

     

     

     

     

     

    pour la migration respectivement de 12 ou 6 gels SDS-PAGE.

    Scan et analyse d'images

     

    1 scanner à fluorescence Typhoon FLA9500 (GE Healthcare) pour la digitalisation des gels 2D-DIGE.



     

    5 licences DeCyder 7.0 (GE Healthcare) pour les analyses d'images dédiées 2D-DIGE.

     

    Prélèvement des spots

     

    1 robot  Spot Picker (GE Healthcare) pour le prélèvement des spots de nos gels E2D.