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    La technique de HITS-CLIP

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    Le séquençage haut-débit des ARNs isolés par pontage covalent et immunoprécipitation

    Le High-throughput sequencing of RNA isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP ou CLIP-Seq) permet de cartographier à l’échelle génomique les sites d’interaction protéines-ARNs. La technique de HITS-CLIP capitalise sur une irradiation in vivo de tissus ou cellules aux UV, permettant un pontage covalent entre les ARNs et les protéines en contact direct. Cette étape est suivie d’une immunopurification des complexes ARNs-protéines d’intérêt et finalement un séquençage haut-débit des fragments d’ARN isolés.

    La technique de HITS-CLIP a été appliquée avec succès sur une large variété de tissus et d’organismes et pour un large éventail de facteurs (NOVA1 et NOVA2, PTB, RbFox2, hNRNP C, Ago2…). Cette technique a été récemment utilisée dans le laboratoire des Interactions Hôte-Virus afin d’identifier les sites de liaison des protéines Argonaute sur l’ARN du VIH-1 (Eckenfelder et al, Nucleic Acid Res. 2017).

    Plusieurs variantes des protocoles de HITS-CLIP ont été développées afin d’améliorer la résolution et l’efficacité de la technique (PAR-CLIP et iCLIP). Des variantes de cette technique ont aussi été développées pour identifier les miARN liés aux ARNm cibles (CLASH) ou pour cartographier précisément la localisation des modifications de type N6-Methyladénosine (M6A) sur les ARNms (M6A-CLIP).

    HITS CLIP

     

     

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