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    L'équipe de Valentina Boeva rejoint le département DRC

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    Le groupe ATIP-Avenir, dirigé par Valentina Boeva, a récemment rejoint le département "Développement, Reproduction et Cancer (DRC)» au bâtiment faculté. Valentina et ses collègues se concentrent sur l'épigénétique du cancer dans le but de comprendre le rôle des changements épigénétiques dans l'initiation et la progression tumorales et d’associer ces changements à des modifications génétiques.

    Le groupe vise à répondre aux questions suivantes sur deux types de cancer, le neuroblastome et le corticosurrénalome :

    1. Déterminer le rôle du remodelage épigénétique dans la transformation oncogénique
    2. Étudier les conséquences des altérations génomiques somatiques sur le paysage épigénétique de ces cancers


    Le groupe contribue aussi au développement des méthodes bio-informatiques permettant d’étudier les changements génétiques et épigénétiques observés dans les cancers.

     

    Quelles sont les récentes contributions de l’équipe de Valentina Boeva ?

    • La description d'une approche probabiliste extrêmement sensible et précise pour mettre en évidence des grandes modifications génomiques (translocations, délétions, insertions ...) à partir de données de séquençage du génome entier de tumeurs. D. Iakovishina et al.et al. Bioinformatics, 2016. PMID: 26740523.
    • L’établissement de la première méthode pour détecter des régions d'enrichissement des modifications d'histones à partir de données de ChIP-seq de cellules cancéreuses. L’équipe de Valentina a montré que les méthodes existantes, telles que MACS ou SICER, présentent d'importants biais liés aux altérations du nombre de copies d’ADN dans le cancer. H. Ashoor et al. Bioinformatics, 2013, 29 (23): 2979-2986. PMID: 24021381.
    • La compréhension des mécanismes de modulation d'expression génique par le facteur de transcription Spi-1 / PU.1 surexprimé, responsable d’une érythroleucémie chez la souris. M. Ridinger-Saison, V. Boeva et al.et al. Nucleic Acids Research, PMID: 22790984.
    • L’élaboration de la première méthode d’évaluation du nombre de copies de régions génomiques et du génotype à partir de données de séquençage de génomes ou d’exomes entiers. Cette méthode appliquée à des analyses de tumeurs permet de soustraire les contaminations dues aux cellules normales et de corriger la ploïdie variable d’un échantillon à l’autre. V. Boeva et al. Bioinformatics, PMID: 22155870.


    Pour son installation à l’institut et la réalisation de ses projets, l'équipe de Valentin Boeva a reçu le soutien de l'Institut Cochin, du laboratoire d'excellence « Who am I ? », d’une ATIP-Avenir et de l’organisation «Worldwide Cancer Research ».

    Plus d’information sur la page web de l’équipe
    Boeva V_Deveau P_Kerdivel G_Bodinier